Kerusakan lingkungan hidup di DAS Batanghari tidak dapat dipisahkan dengan pengelolaan sumberdaya di hulu. Sedimentasi yang tinggi di bagian hilir DAS Batanghari diakibatkan antara lain adanya limbah dari industri yang berada sepanjang alur Sungai Batanghari. DAS Batanghari juga merupakan kawasan yang rawan banjir dan longsor.
Salah satu penyebab pencemaran air di Sungai Batanghari adalah hasil limbah dari kawasan pertambangan (terutama batu bara dan emas) yang membuang limbahnya langsung kebadan sungai. Aktifitas pertambangan di DAS Batanghari telah berlangsung cukup lama dan dilakukan oleh masyarakat maupun perusahaan pertambangan. 

Total luas kuasa pertambangan (KP) di hulu DAS Batanghari mencapai 220.362 hektar dan areal kontrak karya (KK) seluas 1.026.035 hektar. Kegiatan ini telah menyebabkan terganggunya keragaman hayati, degradasi tanah, polusi air, dan fragmentasi kawasan lindung.Merkuri alias air raksa (Hydrargyrum, Hg) menginfiltrasi jaringan dalam tubuh. Akibatnya, jaringan dan organ rusak, janin cacat, serta intelektualitas (IQ) jongkok. ”Kematian biasanya tidak cepat datang. Pelan, tetapi pasti,” ujar Etty lagi. Di Jepang tahun 1950, limbah merkuri dari pabrik pupuk pernah mengakibatkan tragedi Minamata. Sekitar 3.000 warga Teluk Minamata menderita penyakit aneh, mutasi genetika, dan tak tersembuhkan.Kadar merkuri di permukaan Mesumai mencapai 0,0008 mg/l,arsenik  0,002 mg/l, dan besi 2,73 mg/l. 

Konsentrasi merkuri dan arsenik itu nyaris mendekati batas aman. Kadar besi sudah 
sembilan kali lipat ambang itu. Berdasarkan Peraturan Pemerintah Nomor 82 Tahun 2001 soal bahan baku air minum, batas aman merkuri 0,001 mg/l, arsenik 0,005 mg/l, dan besi 0,3 mg/l.Kadar merkuri air permukaan Sungai Tembesi yang menjadi kadar logam berat itu mencapai 0,001 mg/l, besi 1,39 mg/l, dan arsenik 0,001 mg/l. 
Kadar merkuri dalam sampel saluran intake PDAM Merangin, yang airnya bersumber dari Sungai Merangin, sama seperti Sungai Mesumai (0,0008 mg/l), arsenik 0,002 mg/l, tetapi kadar besinya empat kali di atas batas aman (1,31 mg/l).Ketiga sungai itu bermuara di Batanghari. Akibatnya, kualitas air Sungai Batanghari terus memburuk. Penelitian kualitas air oleh Badan Lingkungan Hidup Daerah Jambi, April lalu, di 16 titik menemukan, kategori Batanghari kini tercemar berat (KelasD)

SELAMAT HARI AIR SEDUNIA 22 MARET 2015”